La "Escuela Loyola" nace en 1946 como una extensión de las obras socio-educativas de la Residencia de Santo Domingo (Casa del Catecismo, Escuela a de Corte y Confección...).
El P. Atucha fue el primer director, a quien pronto le sucede el P. Roque Iriarte, (1952) quien sería el alma y motor de esta obra durante treinta años, y quien le dio un estilo propio y peculiar que marcaría a muchas generaciones.
Ese mismo año, mayo de 1952, se abre la “Escuela Mixta Nocturna Loyola” y comienzan a funcionar dos escuelas paralelas en el mismo local: La Escuela de Varones con unos 550 niños durante el día y unos 440 estudiantes mixtos de diversas edades en la “Escuela Nocturna”. Como la demanda local crece, se plantea la necesidad de adquirir más terrenos hasta que en 1964 se logra comprar toda la manzana para poder construir un nuevo edificio. Se comienza la nueva construcción en 1969. El nuevo edificio es inaugurado el 31 de Julio de 1971 al cumplirse los 25 años de existencia y con ocasión de la festividad de San Ignacio y toma el nuevo nombre de Instituto Loyola. Desde ese mismo año se comienza la Secundaria.
Este edificio, construido por el Hermano Belamendía, superó la prueba del terremoto del año siguiente, 1972. Al reabrirse las clases, en 1973, el Loyola se convierte en el primer colegio jesuita de Centroamérica que implanta la coeducación, en parte para continuar la tradición de la Escuela Nocturna, que por causa del terremoto se hace imposible su funcionamiento nocturno, y en parte porque la reubicación de la población a raíz del sismo hacía que el alumnado fuera más escaso, ya que estábamos prácticamente en un descampado.
En 1976 egresan ya los primeros bachilleres del Loyola.
En 1978 el P. Iriarte deja la dirección del Loyola por motivos de edad y es apoyado en el segundo semestre por el P. Jesús F. Hergueta. Es el año previo a la insurrección popular y hay mucho movimiento estudiantil. El P. Hergueta asume la dirección en 1979 y también es destinado H. Salvador Álvarez a colaborar como subdirector y el colegio funciona con dos turnos: Primaria por la mañana y secundaria por la tarde. En julio de 1979 asumen el poder los sandinistas que generan cambios en las distintas estructuras de gobierno y que finalmente incidirán en la vida del Instituto.
En 1978 al P. Iriarte, y le sucede el P. Jesús Hergueta a quien le tocó enfrentar los años difíciles de la guerra, ayudado por el Hno. Salvador Alvarez. Años en los que se les fue retirando progresivamente la subvención del Estado hasta tenerse que hacer un centro educativo privado.
Con la marcha del P. Hergueta a Guatemala, la dirección quedó compartida entre el P. Eduardo Cuadra para la Primaria y el P. Richard Vélez para la Secundaria. Hasta que el 1997 es nombrado Director el P. Antonio Ocaña, conocido cariñosamente como P. Chicho, quien dirige el Instituto durante un trienio.
Desde el 2001 asumió la dirección el Lic. René Arce, anterior Subdirector de Secundaria y quien había trabajado durante muchos años en el Loyola así como en el Colegio Centroamérica.
En la actualidad el colegio funciona con un Consejo de Dirección, coordinado por el P. AndréuRené Arce, en la dirección del Colegio; el P. Santiago coordinando la Pastoral, la Administradora y las Subdirectoras de Primaria y Secundaria. Oliva, como representante del Padre Provincial; un Director laico,
La Pastoral del Colegio se fortalece con la llegada del P. Manuel Santiago (1991), que inicialmente atiende sólo la Secundaria, pero a partir de enero de 1997, es destinado a tiempo completo.
Actualmente el Instituto Loyola es un prestigiado colegio entre los centros educativos de Managua y cuenta con una población escolar de casi 1,700 alumnos.
